Môn đồ và là người cháu duy nhất của ông, Tử Tư, tiếp tục duy trì trường phái triết học Khổng Tử sau khi ông qua đời. Trong khi vẫn dựa chủ yếu vào hệ thống đức trị của Khổng Tử, hai người kế thừa và phát triển tư tưởng nổi tiếng nhất của ông nhấn mạnh trên những khía cạnh khác biệt trong giáo lý của ông. Mạnh Tử tin vào tính thiện vốn có của con người, trong khi Tuân Tử đề cao sự thực tế và những khía cạnh vật chất trong tư tưởng Khổng Tử.

Ở thời Nhà Tống, học giả Chu Hi đã thêm các ý tưởng từ Đạo giáo và Phật giáo vào Khổng giáo. Trong suốt cuộc đời mình, Chu Hi không được mọi người biết tới, nhưng không lâu sau khi ông mất, những ý tưởng đó trở thành một quan điểm chính thống mới về những ý nghĩa thực sự của tư tưởng Khổng Tử. Các nhà học giả phương Tây coi Chu Hi là người đã tạo ra một thứ gì đó khác biệt và gọi tư tưởng của ông là Tân Khổng giáo. Ở thời hiện đại, vẫn có một số học giả nghiên cứu Nho giáo nhưng trong thời Cách mạng Văn hoá, Nho giáo thường bị những nhà lãnh đạo Đảng Cộng sản Trung Quốc lên án. Sau khi Trung Quốc cải cách khai phóng nhận thức về Nho giáo ngày càng thay đổi. Nho giáo được xem là một hệ tư tưởng có giá trị lớn, là nền tảng của nền văn minh Trung Hoa, là một nhân tố tích cực đối với sự phát triển của Trung Quốc.